Det medisinske styret til ESA har et overordnet ansvaret for ivaretakelse av sikkerheten ved bemannet romfart. Dette inkluderer håndtering av større eller kontroversielle medisinske problemstillinger samt vurdering av medisinsk beredskap under fremtidige romferder. Alle astronauter får også tildelt en personlig og dedikert lege (flight surgeon), og ved akuttmedisinske hendelser som påvirker astronauten er det denne legen som har ansvaret for den medisinske oppfølgingen i akuttfasen. Styret blir normalt involvert i etterkant dersom hendelsen var uventet, har konsekvenser for romferden eller for astronautens egnethet for romfart.
Mandatet til det medisinske styret innebærer også gjennomgang og godkjenning av alle ESA-relaterte forskningsprosjekter som innebærer menneskelig deltakelse, enten dette skjer i rommet eller på bakken. Styret gir i tillegg faglige og vitenskapelige råd om verdien av prosjektet, men så lenge det ikke foreligger en uakseptabel risiko er det ikke det medisinske styret som tar stilling til hvilke forskningsprosjekter som selekteres.
Styret skal sikre at astronauttrening i ekstreme omgivelser gjennomføres på en trygg måte, samtidig som treningen gir faglig og operasjonell verdi for romoppdrag.
Videre skal styret etablere og godkjenne de medisinske og psykologiske kravene for ESA-romferder. Ved astronautopptak er det medisinske styret kun involvert helt på slutten av opptaket når de siste finalistene gjenstår. Styret involveres også ved re-sertifisering av de europeiske astronautene.
I traktatet som beskriver mandatet til det medisinske styret til ESA fremkommer det at styret er den øverste autoriteten i de beslutninger som tas av styret. Dermed fungerer styret som et sentralt sikkerhetsnett i all menneskelig aktivitet knyttet til ESAs romfartsprogrammer.